ਅਕਾਲ ਤਖ਼ਤ ਸਾਹਿਬ ਦੀ ਨੀਂਹ ਸਾਹਿਬ ਸ੍ਰੀ ਗੁਰੂ ਹਰਗੋਬਿੰਦ ਜੀ ਨੇ ਰੱਖੀ। ਉਸ ਸਮੇਂ ਉੱਚੇ ਚੌਂਤਰੇ ਉਤੇ ਬੈਠ ਕੇ 6ਵੇਂ ਪਾਤਸ਼ਾਹ ਸ੍ਰੀਰਕ ਬਲ ਦੀਆਂ ਖੇਡਾਂ ਤੇ ਯੋਧਿਆਂ ਦੀਆਂ ਵਾਰਾਂ ਸੁਣਦੇ। ਉਹ ਚਾਹੁੰਦੇ ਸਨ ਕਿ ਸਿੱਖ ਅਪਣੇ ਮਸਲੇ ਅਕਾਲ ਤਖ਼ਤ ਸਾਹਿਬ ਉਤੇ ਬੈਠ ਕੇ ਮੁਕਾ ਲਿਆ ਕਰਨ। ਸਮੇਂ ਨਾਲ ਇਸ ਚੌਤਰੇ ਨੇ ਇਮਾਰਤ ਦਾ ਰੂਪ ਧਾਰ ਲਿਆ। ਦਸਵੇਂ ਪਾਤਸ਼ਾਹ ਨੇ ਹਜ਼ੂਰ ਸਾਹਿਬ (ਨਾਂਦੇੜ) ਵਿਚ ਅੰਤ ਸਮੇਂ ਸ੍ਰੀ ਗੁਰੂ ਗ੍ਰੰਥ ਸਾਹਿਬ ਨੂੰ ਗੁਰਿਆਈ ਦੇ ਦਿਤੀ। ਹੁਕਮ ਕਰ ਦਿਤਾ, ''ਆਗਿਆ ਭਈ ਅਕਾਲ ਕੀ, ਤਬੀ ਚਲਾਇਉ ਪੰਥ। ਸੱਭ ਸਿਖਨ ਕੋ ਹੁਕਮ ਹੈ, ਗੁਰੂ ਮਾਨਿਉ ਗ੍ਰੰਥ£'' ਗੁਰਦਾਸ ਨੰਗਲ ਦੀ ਗੜ੍ਹੀ ਵਿਚ ਬਾਬਾ ਬੰਦਾ ਸਿੰਘ ਬਹਾਦਰ ਤੇ ਬਾਬਾ ਬਿਨੋਦ ਸਿੰਘ ਵਿਚਕਾਰ ਫ਼ਰਕ ਆ ਗਿਆ। ਤੱਤ ਖ਼ਾਲਸਾ ਤੇ ਬੰਦਈ ਖ਼ਾਲਸੇ ਦਾ ਰੌਲਾ ਇਤਿਹਾਸ ਅਨੁਸਾਰ ਅੰਮ੍ਰਿਤ ਸਰੋਵਰ ਵਿਚ ਪਰਚੀਆਂ ਪਾ ਕੇ ਭਾਈ ਮਨੀ ਸਿੰਘ ਨੇ ਹੱਲ ਕੀਤਾ। ਸਾਰੇ ਤੱਤ ਖ਼ਾਲਸਾ ਹੀ ਹੋ ਗਏ। 1718 ਤੋਂ 65 ਤਕ ਸਿੱਖਾਂ ਦੇ ਸਿਰਾਂ ਦੇ ਮੁੱਲ ਪਏ ਤੇ ਜ਼ਾਲਮ ਹਾਕਮਾਂ ਨੇ ਬੇਤਹਾਸ਼ਾ ਤਸ਼ੱਦਦ ਕੀਤਾ। ਉਸ ਸਮੇਂ ਅਕਾਲ ਤਖ਼ਤ ਸਾਹਿਬ ਦੀ ਮਹੱਤਤਾ ਹੋਰ ਵੱਧ ਗਈ। ਸਾਰੇ ਸਿੱਖ ਜਥੇ ਦੀਵਾਲੀ ਤੇ ਵਿਸਾਖ਼ੀ ਨੂੰ ਜਿਥੇ ਦਰਬਾਰ ਸਾਹਿਬ ਦੇ ਦਰਸ਼ਨਾਂ ਲਈ ਆਉਂਦੇ ਸਨ ਤੇ ਉੱਥੇ ਅਪਣੇ ਮਸਲੇ ਇਕੱਠੇ ਬੈਠ ਕੇ ਨਜਿੱਠ ਲੈਂਦੇ ਸੀ। ਸਿੱਖ ਰਾਜ ਦੇ ਪਤਨ ਤੋਂ ਪਿੱਛੋਂ ਆਰੀਆ ਸਮਾਜ ਨੇ ਸਿੱਖਾਂ ਤੇ ਹਮਲੇ ਸ਼ੁਰੂ ਕਰ ਦਿਤੇ। ਸਮੇਂ ਅਨੁਸਾਰ ਸਿੰਘ ਸਭਾ ਲਹਿਰ ਉੱਠੀ। ਇਸ ਨੂੰ ਕਈ ਸਿੱਖ ਰਈਸਾਂ ਨੇ ਉਤਸ਼ਾਹਤ ਕੀਤਾ ਤੇ ਪ੍ਰੋ. ਗੁਰਮੁਖ ਸਿੰਘ, ਭਾਈ ਦਿੱਤ ਸਿੰਘ ਆਦਿ ਨੇ ਡਟ ਕੇ ਟਾਕਰਾ ਕੀਤਾ। 20ਵੀਂ ਸਦੀ ਦੇ ਮੁੱਢ ਵਿਚ ਗਿਆਨੀ ਸ਼ੇਰ ਸਿੰਘ ਤੇ ਗਿਆਨੀ ਬਾਘ ਸਿੰਘ ਪਿਸ਼ਾਵਰ ਵਿਖੇ ਵੀ ਸੰਸਥਾ ਅਨੁਸਾਰ ਟਾਕਰਾ ਕਰਦੇ ਰਹੇ। ਪ੍ਰਿੰਸੀਪਲ ਤੇਜਾ ਸਿੰਘ ਅਨੁਸਾਰ ਇਨ੍ਹਾਂ ਬਹਿਸਾਂ ਵਿਚ ਸਦਾ ਗਿਆਨੀ ਸ਼ੇਰ ਸਿੰਘ ਜੇਤੂ ਹੁੰਦੇ ਸਨ। ਅਸੀ ਜਾਣਦੇ ਹਾਂ ਕਿ ਪਹਿਲਾਂ ਦਰਬਾਰ ਸਾਹਿਬ ਦੀ ਪ੍ਰੀਕਰਮਾ ਵਿਚ ਹਿੰਦੂ ਦੇਵੀ ਦੇਵਤਿਆਂ ਦੀਆਂ ਮੂਰਤੀਆਂ ਸਨ, ਜੋ ਪੰਡਿਤ ਮਦਨ ਮੋਹਨ ਮਾਲਵੀਆ ਨੇ ਇਤਰਾਜ਼ ਹੋਣ 'ਤੇ, ਦੁਰਗਿਆਣਾ ਮੰਦਰ ਵਿਚ ਰੱਖ ਲਈਆਂ। ਫਿਰ ਵੀ ਆਰੀਆ ਸਮਾਜੀ ਤੇ ਮਹਾਸ਼ਾ ਕ੍ਰਿਸ਼ਨ ਆਦਿ ਸਿੱਖ ਮਸਲਿਆਂ ਵਿਚ ਦਖ਼ਲ ਦੇਣ ਦੀ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ ਕਰਦੇ ਰਹੇ ਪਰ ਸ਼੍ਰੋਮਣੀ ਕਮੇਟੀ ਦੀ ਇਕਜੁਟਤਾ ਕਾਰਨ ਸਫ਼ਲ ਨਾ ਹੋਏ।